Kebijakan Merdeka Belajar-Kampus Merdeka yang dicanangkan oleh Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan menjadi wadah dan pendorong Universitas Djuanda Bogor dalam rangka melaksanakan transformasi pembelajaran yang inovatif dan kreatif. Sehubungan dengan hal tersebut, Universitas Djuanda Bogor telah mempersiapkan diri sebagai “Kampus merdeka” yang memberikan kesempatan kepada mahasiswa untuk menerapkan konsep merdeka belajar yang juga merupakan Standar Nasional Pendidikan Tinggi sebagaimana tercantum dalam Permendikbud No. 3 Tahun Dikti Tahun 2020. Pelaksanaan Program Merdeka Belajar Kampus Merdeka (MBKM) menjadi langkah akselerasi Universitas Djuanda dalam mencapai Visi yaitu “Menjadi Universitas Riset yang Menyatu dalam Tauhid dan Diakui Dunia,” dan Misi yaitu “Menyelengarakan pancadarma Pendidikan tinggi berkualitas dan modern yang meliputi Pendidikan, penelitian, pengabdian masyarakat, profesionalitas dan ketauhidan untuk mendorong terwujudnya lulusan yang cerdas intelektual, spiritual, emosional, sosial, berkompeten, berjiwa wirausaha yang bermanfaat bagi masyarakat dan bangsa serta menjadi rahmatan lil’aalamiin”.
Program MBKM juga merupakan bukti pelaksanaan dari Standar SPMI Universitas Djuanda tahun 2020 terkait Merdeka Belajar Kampus Merdeka dan sesuai dengan eksistensi Universitas Djuanda Bogor sebagai perguruan tinggi yang menjunjung tinggi kearifan lokal di Jawa Barat, nilai-nilai keislaman, semangat nasional dan daya saing internasional sebagaimana tertuang dalam 21 Karakter Bertauhid Insan Universitas Djuanda Bogor.
Konsep MBKM di Universitas Djuanda Bogor merupakan perpaduan antara Program MBKM yang dicanangkan oleh Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan dan 21 Karakter Bertauhid Insan Universitas Djuanda Bogor yang di dalamnya sudah secara komprehensif mencakup karakter yang diperlukan mahasiswa dalam menjalankan Program Merdeka Belajar Kampus Merdeka.
Kesiapan Universitas Djuanda Bogor dalam mendukung Program Merdeka Belajar Kampus Merdeka juga terimplementasikan dalam strukturisasi pengelolaan unit kerja di perguruan tinggi dimana Universitas Djuanda Bogor memiliki unit-unit pengelola yang mendukung dan mengakomodir pelaksanaan Program Merdeka Belajar – Kampus Merdeka diantaranya :